晋太康年间（280─289年）复建，名“长干寺”，南朝陈为“报恩寺”，宋改为“天禧寺”，建圣感塔；元改“慈恩旌忠教寺”。
建德六年（578年），齐地佛门遭劫。闻率僧众四十余循海路奔建康。辄遇大风波，楫折船沉。忽现巨龟，负众僧出水，须臾抵建康。闻口称南无阿弥陀佛。龟对曰：师父曾记否，吾乃海曲放生池之老龟也。闻恍然大悟。奏闻宣帝，帝大悦，敕建报恩寺，香火祀之。
帛尸梨密多罗是历史上第一个翻译“孔雀经”的人。从东晋到盛唐其间300多年，“孔雀经”曾八次滚动翻译，为所有密教经典翻译之最。而帛尸梨密多罗则是两次在南京建初寺翻译孔雀经。一部名《佛说大孔雀王神咒经》一卷；另一部是《佛说大孔雀王杂神咒经》一卷。现各种版本的《大藏经》均有收录。
帛尸梨密多罗是历史上第一位把密教经典引入汉地华土，并最早在江南首先传播的鼻祖。由于“孔雀经”的成功翻译和传播，“大孔雀王”的法名和诸多的咒语第一次以汉语文字经典出现在佛经中。开启了汉传密教经典在江南翻译、传播之先河。亦为盛唐密宗的形成和发展打下了基础。
帛尸梨密多罗大师在汉地弘法30余年，圆寂于东晋咸康年间，享年八十余岁。因其常在雨花台一带修行习经。身后安葬于南京雨花台附近。东晋成帝敕建其墓。
如今，大报恩寺遗址已经开辟成公园，成了人们瞻仰参观，休闲娱乐的好去处。
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功德庄严佛净土。报化下济三途苦。见闻悉发菩提心。报化上生极乐国。
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晋宋齐梁唐代间，高僧求法离长安。去者千百归无十，今人安知前辈难。云岭崎岖侵骨冷，流沙白浪徹心寒。后学未历取经路，多将经法轻易看！
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